9月5日，《自然-微生物學》雜志在線發(fā)表了中國科學院微生物研究所、中國人民解放軍軍事醫(yī)學科學院、首都醫(yī)科大學附屬北京地壇醫(yī)院等單位合作研究成果：Intra-host dynamics of Ebola virus during 2014，第一次系統(tǒng)揭示了埃博拉病毒在宿主內的進化模式，并指出了病毒基因與重要變異位點在病毒-宿主相互作用中的作用。
2013年至2015年，西非經歷了史上最嚴重的埃博拉病毒暴發(fā)事件，超過28,000人感染，11,000多人死亡。中國政府向塞拉利昂政府派駐了以中國人民解放軍軍事醫(yī)學科學院、中國疾病預防與控制中心等單位的專業(yè)人員為主的移動醫(yī)療檢測隊，在非期間檢測了大量臨床樣本，通過對175株埃博拉病毒進行全基因組測序，揭示了埃博拉病毒在塞拉利昂的傳播規(guī)律，指出了病毒穩(wěn)定的變異速率，相關結果于2015年發(fā)表在《自然》雜志，并入圍“2015年度中國科學十大進展”。
在前期研究的基礎上，研究團隊再接再厲，繼續(xù)瞄準病毒在體內的進化規(guī)律，力求揭開埃博拉病毒與宿主相互作用的面紗。研究團隊設計開發(fā)了埃博拉病毒基因組的新測序策略-擴增子深度測序，并為此開發(fā)了一套全新的生物信息學分析流程，通過對135個樣本的測定，在病毒暴發(fā)過程中第一次明確地發(fā)現(xiàn)了埃博拉病毒在宿主內進化過程中曾經產生的710個單核苷酸變異位點（intra-host single nucleotide variation, iSNV）；通過對于上述iSNV位點的生物信息學分析、系統(tǒng)發(fā)生分析以及群體遺傳學分析，首次發(fā)現(xiàn)非編碼突變對于埃博拉病毒的影響，證實位于NP基因下游的兩個連鎖的突變位點能夠顯著提高NP基因的轉錄；發(fā)現(xiàn)病毒最保守的基因VP40基因受到強烈的負選擇，其突變對于病毒大都有害，可以作為最有效的抗病毒靶點。
該研究成果是在人群中傳播研究的基礎上，從個體內種群變異這一嶄新角度闡明了病毒的進化過程，解讀了病毒的進化規(guī)律，推動了“宿主內進化”這一國際上病毒學的前沿領域發(fā)展，是進化領域的重大突破與必要補充。該研究成果的新技術、新理論，對于今后制定新發(fā)突發(fā)傳染病的防控策略具有重大意義。
該課題是國內多家科研單位協(xié)同努力的成果。研究工作受到科技部“973”、重大專項、“863”，中科院埃博拉專項，國家自然科學基金委員會，北京市科委等項目資助。軍事醫(yī)學科學院放射與輻射醫(yī)學研究所博士倪銘、首都醫(yī)科大學附屬北京地壇醫(yī)院傳染病研究所博士陳晨和軍事醫(yī)學科學院軍事獸醫(yī)研究所研究員錢軍為論文并列第一作者。中科院微生物所研究員劉翟和軍事醫(yī)學科學院放射與輻射醫(yī)學研究所研究員伯曉晨、中科院微生物所中科院院士高福、軍事醫(yī)學科學院放射與輻射醫(yī)學研究所研究員王升啟為文章通訊作者。
圖1：埃博拉病毒全基因組水平iSNV位點頻率分布分析。
圖2：埃博拉病毒iSNV突變位點在人群中的分布網(wǎng)絡與進化關系。
